80 年代以后，随着基因组学、蛋白质组学、等分子生物学科的完善，以靶点为核心的药物研发模式逐渐建立。当新的基因或蛋白质的功能被揭示之后，其分子生物学机制得到明确，就可以寻找该生物效应传导机制上的相关环节作为靶点，如受体常在生理效应中发挥信号转导的作用，针对其可以研发激动剂或拮抗剂，以激活或抑制相应的生理活动。 苗头化合物评价标准。以上方法筛选出的化合物并不一定都适合作为苗头化合物，苗头化合物应基本满足如下的标准：1）与靶标的结合强度不低于 10μmol/L；2）有一定水溶性，溶解度不低于 10μg/mL；3）可穿越细胞膜；4）细胞水平显示生物活性；5）无细胞毒作用；6）具有化学稳定性；7）可以制备获得；8）具有知识产权的保护3。此外 Lipinski也根据大量临床口服药物的化学结构，归纳出一些经验性特征成为遴选苗头化合物、先导化合物和构建化合物库的重要参考标准，即口服药物的类药 5 原则：1）相对分子质量低于 500；2）氢键给体低于 5；3）氢键接受体低于 10；4）clogP（脂水分配系数）低于5。 活性不是苗头、先导化合物的唯一评价标准。筛选苗头化合物、先导化合物不能仅以活性强度作为单一指标而忽视其他因素。但相对分子质量、亲脂性、水溶解性等是影响药物药代的重要因素，忽视这些因素易导致后续开发遇到难题，例如在苗头化合物的后续优化中人们往往加入基团或者片段，以增加与靶点结合的机会，提高活性强度，但相对分子质量过大会导致药物不易吸收、过膜性差、部分基团容易被代谢等。Wenlock 对不同研发阶段药物的相对分子质量进行了统计，上市药物的相对分子质量要明显低于在研药物，氢键接受体也有类似的现象。